Στη διαθήκη του, ο πάπας Φραγκίσκος έδωσε απλές οδηγίες για την ταφή του: «Ο τάφος θα πρέπει να είναι μέσα στο έδαφος, απλός, χωρίς ιδιαίτερες διακοσμήσεις, και να φέρει μόνο την επιγραφή: Franciscus».
Μάλιστα ο Φραγκίσκος είναι ο πρώτος Πάπας εδώ και πάνω από έναν αιώνα που έχει τάφο εκτός Βατικανού.
Όπως είχε δηλώσει, δεν θέλει να ταφεί στη Βασιλική του Αγίου Πέτρου ή στις κατακόμβες της, όπου θάβονται οι περισσότεροι πάπες, αλλά στη Βασιλική της Santa Maria Maggiore (Σάντα Μαρία Ματζόρε). Καθ' όλη τη διάρκεια της ζωής του ο πάπας Φραγκίσκος έλεγε ότι εμπιστευόταν πάντα τον εαυτό του στην Παναγία. «Για το λόγο αυτό, ζητώ να αναπαυθεί το θνητό μου λείψανο - αναμένοντας την ημέρα της Ανάστασης - στην παπική βασιλική της Αγίας Μαρίας του Μεγάλου», έγραψε στη διαθήκη του.
Μετά από κάθε ταξίδι του στο εξωτερικό, ο πάπας Φραγκίσκος συνήθιζε να πηγαίνει στη Βασιλική της Santa Maria Maggiore πήγαινε για να προσευχηθεί μπροστά στον βυζαντινού ρυθμού πίνακα Salus Populi Romani (Σωτηρία του λαού της Ρώμης), που απεικονίζει την Παναγία, ντυμένη με μπλε χιτώνα, να κρατάει το βρέφος Ιησού, το οποίο με τη σειρά του κρατάει ένα χρυσό βιβλίο με κοσμήματα.
Η βασιλική της Santa Maria Maggiore βρίσκεται έξω από τα τείχη του Βατικανού, στην άλλη πλευρά του ποταμού Τίβερη της Ρώμης.
