Προστίθεται, έτσι στον κατάλογο των πρώην ηγετών της χώρας που έχουν καταδικαστεί για διαφθορά.
Στις γενικές εκλογές του 2016, ο Βισκάρα κατέβηκε ως υποψήφιος για την προεδρία με το κόμμα «Περουβιανοί για την Αλλαγή» ως υποψήφιος για την θέση του πρώτου αντιπροέδρου του Πέδρο Πάμπλο Κουτσίνσκι, νικώντας με μικρή διαφορά το κόμμα «Λαϊκή Δύναμη» της Κέικο Φουτζιμόρι.
Στις 23 Μαρτίου 2018, ο Βισκάρα ορκίστηκε Πρόεδρος του Περού μετά την παραίτηση του Προέδρου Κουτσίνσκι. Καθ' όλη τη διάρκεια της θητείας του, ο Βιζκάρρα παρέμεινε ανεξάρτητος από τα πολιτικά κόμματα, προώθησε μεταρρυθμίσεις κατά της διαφθοράς στο νομοθετικό και δικαστικό κλάδο και δεσμεύτηκε να μην υποβάλει υποψηφιότητα για την προεδρία όταν η θητεία του θα έληγε το 2021.
Κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID-19 στο Περού, ο Βισκάρα θέσπισε μέτρα παραμονής στο σπίτι και χορήγησε κονδύλια αρωγής, αλλά η υπάρχουσα ανισότητα, ο υπερπληθυσμός και η σε μεγάλο βαθμό άτυπη οικονομία έκαναν το Περού να πληγεί σοβαρά από την πανδημία. Ως αποτέλεσμα, το ακαθάριστο εγχώριο προϊόν του Περού μειώθηκε κατά τριάντα τοις εκατό, αυξάνοντας την πολιτική πίεση στην κυβέρνηση του Βιζκάρρα.